1.進項發票勾選確認
第1步：平臺登錄
分為稅控盤/稅務UKEY登錄和實名認證（無盤）登錄兩種方式。
• 稅控盤/稅務UKEY登錄
插入金稅盤\稅控盤后，正確輸入證書密碼，點擊“登錄”按鈕，登錄后顯示當前納稅人情況和月份發票情況，一般企業只有抵扣認證，外貿企業可選擇抵扣認證或退稅認證，外綜服企業可選抵扣、退稅或代辦退稅；
• 實名認證（無盤）登錄
選擇實名認證（無盤）登錄，輸入登錄電子稅務局時使用的用戶名和口令密碼，點擊登錄平臺，系統將自動跳出實名認證顯示框，用戶需手機打開支付寶軟件，掃描顯示框中的二維碼進行實名認證，認證完成后即可進行下一步操作。
第2步：發票預勾選
點擊“從局端下載”按鈕，從省局發票綜服平臺下載同步發票信息。可選擇發票下載方式、發票狀態和勾選狀態等條件，批量下載同步發票，或者以文件掃描和導入的方式導入發票列表。
對已下載的發票列表進行預勾選操作，勾選單張發票或點擊全選，勾選全部的發票。對于已勾選的發票，點擊鼠標右鍵可選擇撤銷勾選或進行不抵扣處理，選擇不抵扣處理企業可根據實際情況調整有效抵扣稅額，若整張發票不抵扣，可選擇有效稅額為0。
第3步：勾選提交
對已預勾選的發票進行勾選提交，確定當前所屬期，點擊“抵扣勾選提交”按鈕提交已勾選的發票。進出口企業可按發票使用類別右上角切換發票用途，選擇退稅認證或抵扣認證。以抵扣用途勾選提交的發票，在每月納稅申報前還需在抵扣統計中一次性確認簽名；
第4步：發票統計與確認
納稅人已完成當期全部進項發票勾選確認并準備開始納稅申報前，以稅控盤稅控盤/稅務UKEY登錄的需插入稅控設備或UKEY登錄進行最后的申請統計和確認簽名，選擇無盤方式登錄的用戶無需插盤。點擊“申請統計”按鈕提交統計申請，等待一段時間后（約10分鐘左右），待統計完成后點擊“局端統計查詢”下載統計結果，統計結果無誤后點擊“確認簽名”，完成簽名確認。
提示：
1、點擊申請統計，可按照發票抵扣結果統計發票情況并上傳，統計過程需要大概幾分鐘，此時系統內顯示狀態為“正在統計”；
2、統計完成后，點擊局端查詢統計生成統計結果表，統計狀態更改為“統計完成”；
3、統計完成后插入稅控設備，點擊“確認簽名”，因未到征期，確認簽名默認為灰色，不可點擊，若需在申報期前提前確認，需在平臺登錄模塊點擊“注銷勾選”
4、若統計完成并確認簽名后又抵扣認證了其他發票，需點擊“撤回統計”并重新申請統計。
第5步：下載打印通知書
選擇認證年月，點擊“本地庫統計”可統計在本系統內操作的認證結果本地數據，從局端統計查詢可下載查詢全部完整的局端發票清單記錄。點擊“導出發票清單”按鈕可導出發票清單，點擊“打印通知書”即可打印該認證年月的認證結果通知書。
2.企業退稅勾選
（1）企業可在系統右上角按照實際情況選擇抵扣勾選或退稅勾選，退稅勾選與抵扣勾選通過選擇認證用途分開進行發票確認；
（2）選擇退稅勾選的企業無需進行統計確認這一步驟；
（3）若抵扣發票被誤選為退稅勾選并已確認提交，需在便捷退稅系統內做“發票誤勾選退回”或“出口轉內銷”申報業務；
（4）若退稅勾選誤選為抵扣勾選，可在申報前取消勾選即可。
3.掃描認證
• 專用發票掃描認證
連接掃描儀選擇專用發票掃描認證，點擊單張掃描或高速掃描自動掃描錄入發票，保存數據后選擇網上認證，進行實時認證，認證完成后可打印對應的掃描認證通知書。
• 機動車掃描認證
與專用發票掃描認證流程基本相同，選擇單張掃描/高速掃描快速錄入發票數據并保存，進行實時認證和通知書打印。
• 掃描認證還有以下幾點需要注意：
掃描認證通過的發票，默認用途為抵扣，稅款所屬期與認證實際發生年月一致。例如：2019年10月31日掃描認證的抵扣所屬期為2019年10月，2019年11月1日掃描認證的抵扣所屬期為2019年11月。
外貿企業可以在發票勾選模塊，將掃描認證通過的發票用途通過勾選變更為“退稅”，經勾選提交確認后用于出口退稅。
掃描認證通過的抵扣發票，需要在其抵扣所屬期納稅申報之前，在發票勾選確認模塊內插入稅控設備或UKEY登錄,將本屬期所有需要抵扣的發票一起經抵扣統計和確認簽名后，才能最終參與增值稅納稅申報進項抵扣。
